Oliiviöljyn valmistus alkaa käytännössä jo matkalla puusta puristamoon. Mitä nopeammin oliivit pääsevät käsittelyyn, sitä vähemmän ne altistuvat ympäristön epäpuhtauksille. Käsittely alkaa puhdistuksella, jossa oliivit erotetaan lehdistä ja oksista, jotka ovat poiminnan aikana pudonneet oliivien mukana keräysastioihin. Tämän jälkeen hedelmän liha rikotaan varovasti ja vaivataan massaksi.

Ekstra-neitsytoliiviöljyksi saa kutsua vain sellaista öljyä, jonka massa on korkeintaan 27 asteista. Jotta tällaisesta massasta saadaan irti varsinainen öljy, pitää sille tehdä kaksivaiheinen erotteluprosessi. Aluksi erotellaan oliivin neste ja kiinteä osa, ja sen jälkeen nesteestä varsinainen öljy. Ennen vanhaan massa puristettiin käyttäen hyväksi hydrauliikalla toimivia prässejä tai kiviä. Nesteen ja kiinteän massan erottamista toisistaan prässillä kutsutaan puristamiseksi. Nykyään tällaisia puristamoja on Kreikassa enää hyvin vähän. Suurin osa öljyn valmistajista on siirtynyt käyttämään nykyaikaisempaa tekniikkaa, jossa öljy erotellaan mekaanisesti.

Ekstra-neitsytoliiviöljy on maailman arvostetuimpia öljyjä. Laadukkaan öljyn valmistuksen kaikki vaiheet ovat tarkkaan säädeltyjä. Oliivien puhdistus ja öljyn erottelu tapahtuu nelivaiheisena prosessina: pesu ja murskaus, malaksaatio, erottelu, suodatus ja säilytys.

Ennen pesua oliivit käytetään siivilän tai ilmajärjestelmän kautta, jolloin niistä poistuvat ylimääräiset aineet kuten lehdet ja oksat. Tämän jälkeen oliivit pestään erityisissä säiliöissä puhtaalla vedellä, jotta mahdolliset maa-ainekset, pöly tai muut epäpuhtaudet lähtevät oliivien pinnalta. Pesun jälkeen oliivit valutetaan, ja niistä poistuu ylimääräinen vesi ennen murskausta. Murskauksen lopputuloksena syntyy massa, joka sisältää öljyä, vettä ja kiinteitä aineita.

Malaksaatiossa massaa sekoitetaan alhaisessa lämpötilassa (kylmäerottelu korkeintaan 27 C°) hitaasti 20–40 minuuttia. Tämän valmistusvaiheen tarkoituksena on yhdistää pienet öljypisarat suuremmiksi pisaroiksi. Vaihe edesauttaa myöhemmin tapahtuvaa erottelua. Malaksaatiota seuraa varsinainen erottelu, jonka aikana oliivimassan neste ja kiinteä osa erotellaan lingolla (sentrifugilla) eli erottelulaitteella. Neste ohjataan sen jälkeen keskipakoerottimeen, jossa öljy ja vesimäinen neste erottuvat toisistaan.

Suodatusvaiheessa öljystä poistetaan sakka. Suodatuksen ansiosta öljy on kirkasta ja kiiltävää säilyttäen kuitenkin laadulliset ominaisuudet. Kun oliiviöljy on eroteltu ja suodatettu, öljy tarkastetaan laadun varmistamiseksi. Öljy säilytetään isoissa ruostumattomissa teräsäiliöissä, joista öljy myöhemmin pullotetaan.

Euroopan Unionin säätämän pakkausmerkintälainsäädännön mukaan ekstra-neitsytoliiviöljyn etiketissä pitää lukea ”laadultaan korkealuokkainen oliiviöljy, joka on saatu suoraan oliiveista ja ainoastaan mekaanisin menetelmin”.  Ekstra-neitsytoliiviöljyn laatu tarkastetaan laboratoriotestein ja aistinvaraisesti.

Kaikki Filos ekstra-neitsytoliiviöljyt on valmistettu nykyaikaisissa tehtaissa, joissa hygienia- ja laatutaso on korkeimmillaan. Öljyn erottelu oliivin lihasta ja nesteistä tapahtuu nykyteknologialla, ja näin ollen pakkauksissakin on merkintä ”kylmäerottelu”.